W 2017 roku, po Zesłaniu Ducha Świętego grupa kilku osób, zapragnęła wspólnych spotkań, by poznawać Boga i Go uwielbić. Pod wpływem tego poruszenia zaczęli spotykać się w domach, gdzie wspólnie modlili się, rozważali Słowo Boże oraz słuchali nauczania, które wówczas głosiła Angelika Orzechowska - pierwsza liderka wspólnoty.

Serce Jezusowe było bliskie każdemu z członków nowo tworzącej się wspólnoty, dlatego na początku sami nazywali siebie "Przymierzem Serc". Podczas spotkań i wspólnych modlitw kształtowały się dzisiejsze Filary wspólnoty: Duch Święty, Maryja, Słowo Boże i Uwielbienie.

Duch Święty niedługo kazał nam czekać na stałe miejsce spotkań, i tak z początkiem grudnia 2017 roku domem Arki Przymierza stała się parafia Ducha Świętego w Nowym Sączu przy Sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia, gdy proboszczem był Ojciec Józef Polak SJ, a pierwszym opiekunem wspólnoty został o. Krzysztof Pietruszkiewicz SJ, kolejnym Tadeusz Kukułka SJ, a od września 2020 opiekunem jest nowy proboszcz, Andrzej Migacz SJ.

2 lutego 2018 roku kilkunastoosobowa już wtedy, młoda wspólnota „bez nazwy" z Nowego Sącza uczestniczyła w zawierzeniu wspólnot charyzmatycznych na Jasnej Górze.

Nazwa Arka Przymierza pojawiła się niedługo potem i po wspólnym rozeznawaniu została nazwą wspólnoty oraz zaczęła określać jej tożsamość.

Naturalnym krokiem i konsekwencją płynącą z bycia Arką Przymierza było zawierzenie się 19 marca 2019r. Świętemu Józefowi, jako szczególnemu Opiekunowi i Zarządcy wszystkich dóbr materialnych i duchowych.